Η Αναγέννηση Γιαννιτσών ιδρύθηκε το 1961 μετά την συγχώνευση του Μακεδονικού Γιαννιτσών και της Ποντιακής Νεολαίας.

Ξεκίνησε να αγωνίζεται στο Τοπικό Κεντρικής Μακεδονίας και πρωτοεμφανίστηκε στη Β’ Εθνική την αγωνιστική περίοδο 1964-65, κατακτώντας τη 2η θέση στον 4ο όμιλο, που αποτελεί το υψηλότερο πλασάρισμα της μέχρι τώρα ιστορίας της.

Από το 1964 έως και το 1974 υπήρξε μια δεκαετής συνεχόμενη παρουσία της ομάδος στη Β’ εθνική, η Αναγέννηση στην συνέχεια υποβιβάστηκε στα τοπικά πρωταθλήματα, για να επανέλθει και πάλι στη Β’ Εθνική το 1978-79, όπου παρέμεινε ως το 1983, όταν και γνώρισε εκ νέου τον υποβιβασμό, παρά το γεγονός ότι δύο χρόνια νωρίτερα (1981) είχε καταταγεί δεύτερη. Αγωνίστηκε για 4 χρόνια στη Γ’ εθνική και το 1988 και 1989 βρέθηκε στη Δ’ εθνική.

Το 1989 κατέκτησε το Κύπελλο ερασιτεχνών.

Το 1989-90 επανήλθε στη Γ’ εθνική, κατέκτησε το πρωτάθλημα στο Βόρειο όμιλο με προπονητή τον Γιώργο Φοιρό, για να ακολουθήσει άλλη μία τετραετία παρουσίας στη Β’ εθνική, ως το 1993-94, όταν ήρθε νέος υποβιβασμός στη Γ’ εθνική. Από το 1997 ακολούθησε νέα πτωτική πορεία καθώς σε αυτή τη δεκαετία η ομάδα βρέθηκε να κινείται μεταξύ Δ’ εθνικής και τοπικού πρωταθλήματος της ΕΠΣ Πέλλας.

Η Αναγέννηση επανήλθε στη Γ’ εθνική την αγωνιστική περίοδο 2007-08 έως το 2011 όταν και κατάφερε να κερδίσει την άνοδό της στην Β’ Εθνική. Εκεί η Αναγέννηση την περίοδο 2011-12 κατετάγει 13η με 39 βαθμούς, την περίοδο 2012-13 τερμάτησε 18η με 30 βαθμούς και την περίοδο 2013-14 τερμάτησε στην 14 θέση του 2ου ομίλου και γνώρισε τον υποβιβασμό. Για μία χρονιά αγωνίστηκε στην Γ’ εθνική την περίοδο 2014-15 όπου κατετάγει 15η στον 1ο όμιλο και γνώρισε εκ νέου τον υποβιβασμό στα τοπικά πρωταθλήματα. Την τελευταία περίοδο η Αναγέννηση προχωρώντας σε ριζική ανανέωση και δίνοντας ευκαιρία σε νέα παιδιά της δικής της ακαδημίας αλλά και της περιοχής αγωνίστηκε στην Α1 κατηγορία της ΕΠΣ Πέλλας τερματίζοντας 10η.